Chùa Liên Hoa Phú Quý được hòa thượng Thích Tường Vân khai sơn năm 1944 – 1965 khi Ngài làm Yết Ma A Xà Lê kiêm hóa chủ trường kỳ tại chùa Linh Sơn. Đến năm 1995 được Đại Đức Thích Thiện Phước cùng bổn đạo nam nữ trùng tu xây dựng lần thứ nhất và hoàn thành công trình vào năm 1998.
Trải qua gần 90 năm sau nhiều lần được xây dựng, trùng tu Chùa Liên Hoa đã thu hút đông đảo du khách thập phương đến chiêm bái, vãn cảnh khi đến với huyện đảo Phú Quý.