Nước mắm cá cơm đảo Phú Quý từng được các vua chúa nâng lên hàng thứ nhất trong số các sản phẩm thuần túy để yêu cầu nộp thuế đinh của đảo. Điều đó có thể cho thấy hương vị ngon của mắm Phú Quý vì dọc tuyến ven biển Việt Nam hầu hết các địa phương đều nổi danh với nước mắm như Phan Thiết, Bình Định, Phú Yên…
Như đã đề cập ở trên, ở thời kỳ đầu hình thành đảo thì người dân đảo Phú Quý phải chịu qua 03 thời kỳ đóng thuế đinh gồm có Thuế vảy đồi mồi, thuế mắm cơm và thuế vải hòn để nộp về triều đình. Trong đó thuế mắm cơm được ấn định cho mỗi người dân đinh đảo Phú Quý phải nộp một ghè đường (hũ sành thường dùng đựng đường) vừa đủ để đựng vừa 01 kg mắm. Các vị vua chúa đã nhắm vào sản phẩm đặc biệt này của huyện đảo Phú Quý để áp dụng cho đồng bào hải đảo theo lệ nạp thành thuế sắc thường niên.
Sách Đại Nam nhất thống chí do Quốc sử quán triều Nguyễn biên soạn cho biết: Nghề làm nước mắm bắt đầu hình thành ở tỉnh Bình Thuận vào khoảng cuối thời chúa Nguyễn, với khoảng 50 người, tập trung ở phường Đông Quan. Nhà nước quy định mỗi năm 30 người trong số họ phải nộp cho nhà nước mỗi người 1 thùng nước mắm, 20 người còn lại mỗi người phải nộp 2 vò mắm mòi và 1 vò mắm tép. Sang đến thời Nguyễn, nhà nước tăng thuế biệt nạp nước mắm ở Bình Thuận lên 8 vò mỗi người mỗi năm, người già người ốm phải nộp một nửa định mức. Ngoài nước mắm, chủ yếu làm từ cá cơm, mỗi người mỗi năm phải nộp thêm 1 vò mắm ướp, 1 vò mắm mòi và 1 vò mắm cá thu. [Quốc sử quán triều Nguyễn, Đại Nam nhất thống chí, Tập 2 (Huế: Thuận Hóa, 1992), 157].
Nhiều tài liệu đề cập đến văn hóa Chăm ở Phú Quý và người Chăm là chủ của Hòn đảo này trước khi người Việt và Người Hoa lên đảo, chính vì vậy, phương pháp chế biến nước mắm truyền thống của Phú Quý ít nhiều ảnh hưởng của yếu tố Chăm.
Nhiều nhà nghiên cứu cho rằng, nước mắm vốn có nguồn gốc từ văn hóa ẩm thực của người Chăm. Những người làm nước mắm lớn tuổi ở Nam Trung Bộ vẫn truyền rằng, tổ tiên của họ (người Việt) đã tiếp thu kỹ thuật sản xuất nước mắm của người Chăm và đã nâng kỹ thuật sản xuất nước mắm lên tầm cao hơn. GS. Trần Quốc Vượng trong một lần cùng các cộng sự tiến hành khảo sát một số di chỉ Champa ở Trà Kiệu (Quảng Nam) đã kể câu chuyện lý thú về nước mắm. Theo đó, TS. Pamela Gutman, Phó Giám đốc Trung tâm Nghiên cứu Đông Nam Á và Thái Bình Dương của Đại học Sydney (Australia) có lần thông báo cho vị giáo sư khảo cổ học này biết rằng: các nhà khảo cổ học biển (maritime archaeology) đã tìm thấy một con tàu đắm chở các thùng gỗ chứa nước mắm từ Champa sang bán cho La Mã cổ đại (từ thế kỷ VIII trước Công nguyên đến thế kỷ IV sau Công nguyên [Quảng Đại Tuyên, Nước mắm trong đời sống người Chăm]. Theo GS. Trần Quốc Vượng, người Việt từ Bắc Bộ khi di cư vào Nam đã học cách làm nước mắm của người Chăm, bởi người Chăm đã có truyền thống làm nước mắm từ lâu đời; từ chượp trong chượp cá có nguồn gốc Champa [trích từ bài viết của GS. Trần Quốc Vượng in trên báo Quảng Nam].
Kỹ thuật sản xuất nước mắm và văn hóa sử dụng mắm là yếu tố giao thoa giữa người Chăm và Việt ở miền Trung nói chung và Phú Quý nói riêng. Trong quá trình di dân lập nghiệp tại vùng đất vốn thuộc vùng vương quốc Champa và với việc cộng dư lâu dài với người Chăm nên người Việt đã tiếp nhận phần nào văn hóa ẩm thực và kỹ thuật làm mắm của người Chăm. Họ đã biến mắm thành một gia vị tuyệt vời trong nền văn hóa ẩm thực Việt Nam [Mai Thanh Nga, 2014].
Ngày xưa, hầu hết các gia đình người Chăm đều tự sản xuất nước mắm để phục vụ cho nhu cầu hàng ngày. Theo nhiều người già kể lại, người Chăm muối mắm cá biển (cá cơm, cá de, cá nục…) với muối theo kỹ thuật: 3 cá – 1 muối để ăn trong thời gian lâu hoặc 4 cá – 1 muối để ăn nhanh trong những cái chĩnh, ú sành hay chượp. Có thể nói rằng, với người Chăm ở miền Trung từ trước tới nay đều gắn liền với việc sử dụng mắm trong văn hóa ẩm thực của mình. Từ người giàu cho đến người nghèo đều có thể tự làm nước mắm để phục vụ nhu cầu hàng ngày.
