Theo thống kê, Phú Quý có khoảng 152 loài cá sinh sống ở các rạn san hô và 50 loài cá sống ở các thảm cỏ biển. Nhiều loài cá có giá trị kinh tế cao như: cá mú, cá mó, cá dìa, cá hồng… một số loài cá của Phú Quý trước đây tương đối nhiều (nay vẫn còn nhưng lượng ít), có thể kể đến như:

Cá nục sỏi

Là loại cá nằm trong bộ cá nục sồ, xuất hiện ở biển Đông, thích nghi vùng lắm đá ngầm. Ở Phú Quý, cá nục sỏi còn có tên gọi là cá đuôi cờ. Từ tháng 9 – 11 hàng năm là mùa cá nục sỏi.

Để đánh bắt cá nục sỏi, ngư dân thường thả chà, sau đó dùng lưới hai – ba vây bên ngoài cội chà để bắt cá. Phú Quý từng có nhiều cội chà hay, thu từ 300 – 500kg cá trong một lần quây lưới. Ngoài ra, có thể dùng ống câu để câu cá nục sỏi. Mỗi ống câu có trên 30m dây cước. Cứ cách 1m dây cước thì mắc 1 lưỡi câu kèm theo một chùm kim tuyến trắng, giả làm mồi câu. Khi dây câu thả xuống nước, do ảnh hưởng của nước chảy và sóng biển, chùm kim tuyến luôn lay động, hút đàn cá nục sỏi bơi lại, đớp mồi và dĩ nhiên sẽ mắc câu. Người câu giỏi, mỗi lần thu dây câu bắt được khá cá.

Cá hồng

Xuất hiện nhiều ở Phú Quý trước đây. Đây là loại cá chuyên ăn cá nhỏ, thích ghi với vùng biển nhiệt đới, sống ở tầng đáy. Con lớn nhất dài tới nửa thước, nặng 5 – 6kg. Cá đẻ trứng từ tháng 3 – 7, tháng 5 thì đẻ rộ. Trước ngày giải phóng, ngư dân đi thuyền ra khỏi đảo 200m, dùng lưới giã, có thể bắt được cá hồng, hoặc cá mú nghé.

Cá dảnh

Có 2 loại cá dảnh ở Phú Quý. Đó là dảnh bông và dảnh vẩy. Cá dảnh, con lớn nhất dài tới 25cm, là loại cá mà nếu đem chế biến nước mắm sẽ được loại nước mắm cao độ đạm, thơm ngon. Cá dảnh còn được phơi khô, làm thức ăn trong những ngày mưa bão.

Cá không xương

Còn có tên gọi là cá lưỡi dong, đặc điểm là mềm như bún. Cá có hình dạng tròn, to bằng cái chén, da nhám, màu vàng pha sọc đen, đôi vi xòe ra như chân ếch, bơi rất nhanh. Bắt được cá lưỡi dong, ngư dân thường bỏ nuôi trong hồ làm cá cảnh.

Cá chào dao

Một giống cá thuộc bộ cá đuối, xuất hiện quanh năm ở Phú Quý. Cá chào dao có hình vuông và dẹp. Con lớn nhất có kích thước như một bộ ván. Da trơn láng, màu nâu sậm, bụng trắng. Cá sống trong vùng có dòng hải lưu nóng ấm… vùi mình trong cát chỉ chừa 2 con mắt và lỗ thở. Ngư dân Phú Quý trước đây đánh bắt cá chào dao bằng lưới vây rút chì, chu vi là 10km. Thỉnh thoảng, ngư dân Phú Quý gặp cảnh “chào dao đóng mẻ”, nghĩa là một đàn chào dao sau khi bị động liền “nhập đất”, con trên đè con dưới, bất động. Khi gặp cảnh đó, ngư dân phải lặn xuống, gỡ từng con rồi đưa lên thuyền. Cá chào dao được xẻ khô, làm thực phẩm.

Cá bò

Có 5 loại cá bò ở biển Phú Quý. Đó lá bò ngừ, bò dẹp, bò hòm, bò gai và bò hút. Cá bò di chuyển từng đàn, ở lưng chừng mặt nước để tìm thức ăn. Từ tháng 2 – 5 là mùa cá bò đẻ. Cá bò có da lưng nhám, gai mọc trên kỳ. Ngư dân đánh bắt cá bò bằng câu tay hoặc lưới giã.