Ứng với các cơ sở tín ngưỡng trên đảo thì các hoạt động tế lễ và lễ hội thường được tổ chức rất nhiều trong năm ở tất cả những cơ sở tín ngưỡng. Thông thường là diễn ra hai kỳ tế lễ chính: tế xuân thường vào tháng giêng hoặc tháng hai âm lịch, tế thu thường vào tháng bảy hoặc tháng tám âm lịch theo quan niệm xuân cầu thu báo của dân gian và theo thể chế lễ tế của chính quyền phong kiến triều Nguyễn. Ngoài ra nhiều lễ hội còn được tổ chức lớn như lễ cầu ngư, lễ kỵ (lễ giỗ) của các vị thần.
Lễ hội nào được tổ chức vào thời gian nào? Lễ nào tổ chức lớn hơn? là tuỳ thuộc vào điều kiện của từng làng và tuỳ vào thời điểm tốt trong năm mà các thầy lễ và thầy cúng căn cứ vào thư tịch sách tử vi chiêm tinh do người xưa truyền lại mà định ra.
Cũng tuỳ theo điều kiện tổ chức lễ hội của làng mà có thể có lễ hội hay chỉ có lễ mà không có hội. Các nghi thức tế lễ vào các dịp lễ trong năm được tổ chức đúng theo trình tự lễ nghi truyền thống từ xưa truyền lại. Còn phần hội mà nổi bậc nhất là hát bội thì thường làm hai năm một lần. Nhìn chung lễ hội trên đảo đáp ứng rất tốt nhu cầu tín ngưỡng và vui chơi giải trí của cư dân nơi đây.
Lễ kỵ Công Chúa Bàn Tranh
Lễ kỵ Công Chúa Bàn Tranh ngày 3 tháng giêng âm lịch, lễ rước sắc từ đình (đền hay vạn) của làng phụ trách thờ cúng qua đền thờ Công Chúa Bàn Tranh làm lễ tế chính rồi tiếp tục rước sắc qua đền thờ Thầy Sài Nại làm lễ nghinh thần nghinh thỉnh Thầy về cùng hưởng lễ sau đó hồi sắc về lại nơi ban đầu. Phần hội thì được thực hiện tại đền thờ Thầy Sài Nại vì theo tập tục đền thờ Công Chúa Bàn Tranh không được tổ chức ăn uống ca hát.
Lễ giao phiên Kỵ Thầy
Trong lễ Giao Phiên Kỵ Thầy ngày 4 tháng tư âm lịch có lễ rước sắc từ đình (đền hay vạn) của làng phụ trách thờ cúng đương nhiệm qua đền thờ Công Chúa Bàn Tranh làm lễ nghinh thần nghinh thỉnh bà về đền Thầy Sài Nại để cùng hưởng lễ. Sắc phong tiếp tục được rước qua đền thờ Thầy Sài Nại. Lễ Tuyên sắc sẽ được thực hiện sau nghi thức lễ chánh tế thầy Sài Nại, sau đó thực hiện lễ Giao Phiên để giao sắc phong và vai trò cúng tế Thầy và Bà lại cho làng kế nhiệm. Sắc phong không hồi về lại chổ cũ mà chuyển đến đình (đền hay vạn) của làng kế nhiệm.
Cúng tế đền Quan Thánh
Tại đền Quan Thánh hàng năm không diễn ra các kỳ cúng tế như một số đền thờ, đình làng và lăng vạn khác trên đảo Phú Quý. Tại đền chỉ diễn ra cúng tế vào các ngày rằm như ở các chùa thường cúng Phật và được đông đảo nhân dân trên đảo lui tới để khấn bái ngài phù trợ cuộc sống làm ăn, buôn bán giàu có và bình an.
Lễ hội Cầu Ngư
Trong lễ hội Cầu Ngư ở các Lăng Vạn: nếu như lễ Nghệ Sắc trong các lễ hội thường tổ chức vào lúc sáng sớm ngày chánh lễ thì lễ Nghệ Sắc trong lễ hội cầu ngư ở các Vạn thường được tổ chức vào tối hôm trước ngày chánh lễ, lễ Rước Sắc được diễn ra vào sáng hôm sau. Lễ Nghinh Thần trong lễ hội cầu ngư thực hiện 2 lượt vào buổi tối trước ngày chánh lễ tại vạn và vào buổi sáng của ngày chánh lễ trên biển (nghinh thần Sanh – thần sóng biển – ngay tại bờ biển hoặc đi thuyền ra xa để làm lễ nghinh).
Ở các lăng vạn ngoài các lễ tế trong năm và lễ cầu ngư còn thực hiện các lễ nghi liên quan đến tín ngưỡng cá voi như: Lễ an táng, lễ thượng ngọc cốt (cải táng, lễ nhập cốt vào tẩm thờ ở lăng vạn). Các lễ này không thực hiện các nghi thức có liên quan đến sắc phong chỉ có dâng hương đèn, trà, rượu tại nơi an táng Ông, khấn vái xin phép thực hiện lễ an táng hay cải táng, có nhạc lễ múa tứ linh hay chèo bả trạo.
Lễ an táng cá Ông
Theo sử sách và truyền khẩu của nhân dân Phú Quý, cá Ông là sinh vật hiền lành, thường xuất hiện cứu giúp ngư dân khi biển có sóng to gió lớn. Vì thế mỗi khi Ông lụy (chết), cả làng phải dừng việc ra khơi, để rước Ông lên bờ, tổ chức lễ an táng.
Người phát hiện cá xác cá Ông (cá Ông khi chết trôi dạt trên biển gọi trang trọng là Ông luỵ) phải đứng chánh bái chôn cất và để tang 3 năm hay 2 năm tuỳ Ông có kích thước lớn hay nhỏ. Sau khi an táng xong thì thực hiện các nghi lễ cúng Ông tại lăng vạn sau 3 ngày, 7 ngày, 49 ngày, 100 ngày và giáp năm như đối với người quá cố. Đây là cách ứng xử thể hiện tính nhân văn và cũng là tình cảm rất đặc biệt, lòng biết ơn mà con người dành cho cá voi.
Theo văn hóa Chăm, cá voi là do vị thần Cha-Aih-Va hóa thân thành cũng chính là thần sóng biển Pô-Ri-Ak. Còn theo truyền thuyết Phật giáo thì cá voi là hóa thân từ chiếc áo cà sa của Phật Bà Quan Âm và được ban phép “thâu đường” để cứu giúp ngư dân gặp nạn trên biển. Vì vậy người dân phải hết sức tôn kính
Sau khi mãn tang Ông, ngư dân thực hiện nghi lễ Thượng ngọc cốt Ông khá long trọng
Lễ thượng ngọc cốt
Sau thời gian tang chế, những thầy cúng chọn được ngày tốt, ban quản lý vạn chuẩn bị một mâm trầu rượu và hương đèn, đến mộ Ông làm lễ kính báo xin phép làm lễ thượng cốt. Xương cá Ông được đào lên gọi là ngọc cốt, ngọc cốt được rửa sạch bằng nước giếng, sau dùng rượu mạnh rửa thêm một lần nữa rồi dùng khăn sạch lau lại cho khô và đưa toàn bộ ngọc cốt vào hòm gỗ hoặc quách. Người ta hứng lấy rượu rửa ngọc cốt đem vẫy lên ngư cụ để cầu may mắn.
Trong quá trình cất bốc và thỉnh ngọc cốt nhập điện, đội trống chiên, đội nhạc ngũ âm liên hồi tấu nhạc để hầu Ông. Khi ngọc cốt về tới, bổn vạn dâng hương hoa, xôi thịt,… để tế an vị.Từ đó trở đi ngọc cốt được bảo quản cẩn thận trong vạn.
Lăng vạn chứa ngọc cốt Ông Nam Hải là địa điểm linh thiêng của làng. Đó là nơi ngư dân Phú Quý thường lui tới để chiêm bái, cầu Ông phù hộ độ trì cho những chuyến hải trình.